フォルダ以下のファイルにimagemagicを適用する(ここではflop)

find . -name "*.png" -exec mogrify -flop {} \;
#mogrifyは既存のファイルを上書きするので注意
#バックスラッシュの前にスペースがないと「find: `-exec' に引数がありません」とエラーが出てはまるので注意。


#自作のシェルを適用する場合
find . -name "*.png" -exec ./rename.sh {} \;

rename.sh
#! /bin/bash
file=$1
mv $file `echo $file | sed 's/-FlipX//'`;
#mv $file ${file%'@2x.png'}.png;


#以下と同等
for file in *-FlipX*;
do mv $file `echo $file | sed 's/-FlipX//'`;
done

以下を参照、http://q.hatena.ne.jp/1315092699
http://blog.morizotter.com/2013/02/03/rename-multiple-files-with-bash-command/



image magicの使い方は須崎さんのサイトが参考になります。
http://www.gi.ce.t.kyoto-u.ac.jp/user/susaki/image/magick_process.html



rename 2014 2015 2014-*.txt

http://uxmilk.jp/8366




追記
Rでimage magicのラッパー関数があるようです。
The magick package: Advanced Image-Processing in R
https://cran.r-project.org/web/packages/magick/vignettes/intro.html

元はこれ。
Magick++ STL Support
https://www.imagemagick.org/Magick++/STL.html

レベル補正とかは以下のように実施するがRから通るだろうか?未だ関数になってないのかな?
convert -auto-level ALL -normalize a.jpg b.jpg
http://generalworks.blogspot.jp/2011/10/imagemagick.html


追記2:単純に縮小して上書きする場合。

#!/bin/bash
#単純に縮小して上書き
find . -name "*.jpg" -maxdepth 2 | while read f; do
#mv $f original/#サブフォルダ同じように作成しておかないとダメ
convert -resize 50x -unsharp 2x1.4+0.5+0 -colors 65 -quality 100 -verbose $f $f
done

GEE(Google Earth Engine)のJS用エディタによる操作

Google Earth Engineは10GBまでなら自前データをUPできるそうだ、少ないけどそのうち容量買えるようになるのだろうか。
Pythonも通るが、JS用のエディタのような便利ツールはないとのこと。
というわけでJS入門を学ぶ。

追記20180123:ちなみにGEEの入り口はなかなかわかりにくくて、ここです。
https://code.earthengine.google.com/#
あと、過去のセミナーの一部gitにあがってますhttps://earthengine.googlesource.com/?format=HTML
#なにもESJにGEEのmini summitぶつけなくても・・・

//一行のこめんと
/* 複数行の
コメント */
print('こんにちは');
print('セミコロンなしだとエディタに!が出る')
//print(''を入れずに構文がおかしいとに×が出る)

//変数の代入
var hello = 'こんにちは';
var theTemp = 100; //数値の場合
var someNums  = [200,300,400]; //リストの場合
print(hello);
print(theTemp);
print(someNums[1]);//リストは0番からはじまる

//辞書型のデータ
var record1 ={name:'Dave',phone:'0120-1234-5555'};
print(record1['name']);
print(record1.name);

追記20181003:続けて、画像の解析方法ですが、
画像自体は検索して、importを押すとエディタ内に読み込まれます。
操作は以下を参照です。

■NDVIの画像演算での計算方法
https://developers.google.com/earth-engine/tutorial_api_06

■教師付き分類
https://www.youtube.com/watch?v=WjKhPyiSgb8

■画像の出力方法
https://cis-jp.blogspot.com/2018/06/gee_10.html

ただし、特に、演算については、上記1つめの説明にあるように以下のような記載で、JSはちょっと煩雑。
var ndvi = nir.subtract(red).divide(nir.add(red)).rename('NDVI');

そういうわけで。エディタはJSのみ対応のようですが、GEE自体はPythonでも同じコマンドがうごいており、Pythonで操作できます。例は以下などをご参照ください。
https://github.com/naru-T/2017FOSS4GHOKKAIDO/blob/master/FOSS4G_Hokkaido.ipynb


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Jupyter notebookを使う。

ゆる募:Ubuntu1404にWindowsからリモートで入ってDIGITSを使いたいのだが、xrdpただ入れただけだとUnityが起動せず、Unity上でしかDIGITSやJupyterが起動してくれないようなので、UnityもしくはDIGITSを起動させる方法をご存じの方がいましたら教えていただけると助かります。

追記:まだDIGITS入れていないですが、Ubuntu16.04で以下の方法でUnity見られています。 Consoleを選択しないといけないですね。
Windows10からUbuntu16.04へリモートデスクトップ接続する設定
http://watarisein.hatenablog.com/entry/2017/06/24/235551

Ubuntu 16.04: Unityデスクトップ環境にXRDPで接続する
https://www.hiroom2.com/2016/08/28/ubuntu-16-04-unity%E3%81%ABvnc-xrdp%E3%81%A7%E3%83%AA%E3%83%A2%E3%83%BC%E3%83%88%E6%8E%A5%E7%B6%9A%E3%81%99%E3%82%8B/

以下のメモは移動しました。
Ubuntu16.04とCUDA、DIGITS 6の導入 - yamakita@lab 山北 剛久のブログ

ようやく新しいPC環境*1になったので、いろいろ一新しております。調子の悪いcygwinからもこれで開放されます。

インストール

windows10:anacondaでそのままインストールされる。

古いpython環境を使用する場合は、
anaconda上に仮想環境を以下の方法で構築
conda create --name=hoge python=2.7 anaconda

(そのほかのanaconda情報、https://docs.anaconda.com/anaconda/user-guide/getting-started

スタートメニューからAnaconda Navigaterを起動して、activateしたいチャンネル(仮想環境)を選択した後に、Jupytherの下のLaunchを選択して起動する。

anacondaのコマンド上では以下でルート環境と仮想環境を切り替える
activate hoge
deactivate hoge

Ubuntu1404LTS py2x

anacondaで別途環境を入れてもよいが以下のような感じ、pipをupdateしないとエラーが出る点にきづかずにはまりました。
sudo pip install -upgrade pip
sudo pip install jupyter
#起動
jupyter notebook

Jupyterの使い方

http://qiita.com/taka4sato/items/2c3397ff34c440044978#jupyter%E3%81%AE%E4%BD%BF%E3%81%84%E6%96%B9

%matplotlib inline
#テスト
import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt
x=np.random.rand(100)
y=np.random.rand(100)
plt.scatter(x,y)
plt.title("scatterplot")
#現在のワーキングディレクトリをshellを呼んで表示
#windowsだとdirなどに変えてもうまくいかず・・・
import commands
commands.getoutput("pwd")

WindowsだとC:/Users下のログインユーザーフォルダ
UbuntuだとHomeフォルダ
がデフォルトの起動フォルダのようです。ノートもそこに保存されます。

*1:NECタブレットじゃないほうのZ(LavieZ、過去のversionも含めていくつもタイプがあって型番わかりにくすぎでしょ)軽くて裏蓋も容易に外せて昔のVAIOZからの移行におすすめです。ディスプレイの明るさや解像度がSurfaceに全くかなわないけど、バッテリーのもちがその分格段にいいですし

オフィスのインストールに失敗する。

以下のようなメッセージが出てプレインストールのオフィスの認証に失敗する。
カード記載のプロダクトキーが、アカウントに登録されると別のプロダクトキーに変化するためのようです。

「申し訳ございません。Officeのセットアップ中に問題が発生しました。しばらくしてからやり直すか、カスタマーサポートにお問い合わせください
エラーコード:0xc004d601

まず、http://www.office.com/myaccountでサインインして
Office365でないほうのタブに切り替えます。
登録済のオフィスから該当するOfficeをクリックし、「プロダクトキーの表示」
をクリックすると登録後に更新された別のプロダクトキーが表示されます。
これを、Office起動時のプロダクトキーのリクエスト画面に入力してください。

アナゴはどこで生まれてどこにかえるのか?

東京湾や瀬戸内海をはじめ各地の名物となっているアナゴ。絶滅が危惧されるウナギと比べて、こちらのほうはあまり注目されていません。うなぎのしらすに混じることもあるようですが、資源管理についても各地域での漁獲量の統計があるくらいであまり進んでいないように見えます。

2008年ごろからアナゴについてもウナギ同様に沖合の産卵場調査が行われ、どうやら沖合の海嶺における滞留域に産卵していることがわかってきました。今の所、九州パラオ海嶺の同じ地域に東アジア全体のアナゴが産卵に集まっていると考えられているようです。

未だに、親魚の回帰経路は不明であるが深海を遊泳している可能性が高そうであり、データロガーをつけるなどした研究が進められているそうです。

日本水産学会誌 Vol. 79 (2013) No. 4 p. 614 九州パラオ海嶺海域におけるマアナゴ Conger myriaster 産卵場の発見 黒木 洋明
https://www.jstage.jst.go.jp/article/suisan/79/4/79_h24-70/_article/-char/ja/

水産研究成果情報検索結果 マアナゴの産卵場所を沖ノ鳥島南方で発見
http://fra-seika.fra.affrc.go.jp/~dbmngr/cgi-bin/search/search_detail.cgi?RESULT_ID=4289&YEAR=2012

すでに侵入した外来種にどう対応すべきかは難しい。

 あまり雑感的なものはBlogに書かないほうが良いのかもしれないと思いましたが、土壌中のナガミノヒナゲシの種をひたすら数えたことがあって懐かしいのでちょっと最近話題のナガミノヒナゲシ駆除のPRについて、主に都市部の方向けに書いてみます。


自然保護を目的とした地域でもない場所でナガミノヒナゲシ駆除の話しを聞いたときに、ちょっと過剰反応ではないかとおもっていたところ、案の定、議論になっているようです。(https://www.facebook.com/permalink.php?story_fbid=831257117022464&id=100004145498743&pnref=story)。多感作用が他の多感作用が強い植物同様にあり、拡散を防げるのであれば防いだ方が良いのは間違いないようですが。現実的に既にほかにも特定外来生物や侵略的外来種に指定されている種がすでに蔓延している都市部で、特別な目標を定めずに優先して駆除する対象とすべきかどうかが不明である点と、告知がちょっと扇動的ではないかという点が疑問です。
 在来の植生の維持を目指そうという個人が他の外来種とともに個人で 駆除し、在来種の種を播種することや(ただし国内移入を防ぐために同じ地域内で採られたものとするなど注意が必要)、もし組織的に行うのであれば、新たに在来の植物群落を保全・復元する場をこれを契機に設定するというのは、あっても良いかと思いますが。多くの場合は外来種が生育しやすい環境があり、もともとの表土の質やシードバンクの組成が失われているという問題も大きいと思われます。

 ただし、埋め立て地のような都市域においても在来種を含めた植物群落について、「保護すべき固有種や生態系が陸上に存在するかどうか」については、既に相当量が破壊されていますが、まだあります。
例えば、埋立地で有名な浦安市においては「平成18年度自然環境調査(春季・夏季・秋季)業務委託報告書(http://www.city.urayasu.lg.jp/shisei/johokoukai/houkoku/toshikankyo/1002892.html)」をご参照いただければ、いくつか希少種も出現していますし、拙著「新浦安から伝える東京湾の海辺「三番瀬」(https://calil.jp/book/4990773705)」でも、過去から現在までの希少種の出現について一部で紹介しています。移動可能な動物が希少種では多いですが、植生も埋め立て時の土砂や周辺から加入した海浜植物や湿地の植物が再生した群落もありますし、空き地にシードバンクから出現しているものもいるようです。こうした場所について、環境保全する地域や、復元する場所(ビオトープ)などとして範囲を特定して、元々いた植生の復元や、他の特定外来生物https://www.env.go.jp/nature/intro/1outline/list/#sho)や、侵略的外来種(https://ja.wikipedia.org/wiki/%E6%97%A5%E6%9C%AC%E3%81%AE%E4%BE%B5%E7%95%A5%E7%9A%84%E5%A4%96%E6%9D%A5%E7%A8%AE%E3%83%AF%E3%83%BC%E3%82%B9%E3%83%88100)を含めて、積極的に駆除するという選択肢はあっても良いかもしれません。

余談ですが、埋め立て地の植物群落については、「江東区の野草」 シリーズと(http://www.city.koto.lg.jp/011501/kuse/profile/shoseki/5396.html)、「 千葉県臨海開発地域等に係る動植物影響調査」シリーズ(http://ci.nii.ac.jp/ncid/BA61215831)が面白いと思います。あまり出回っていませんが埋め立て地の植生に興味を持たれた方は、現場を見る事と合わせてぜひ参照いただけると良いと思います。

もともとの自然の植生を維持しようという、原理主義的な立場からは外来種は悪者です。そうした理想的な原理原則に従わなくとも、天然記念物や国立公園の特別保護地区に準じた管理を期待される地域とその周辺では徹底的に駆除すべきだと思います。侵入初期にも駆除は可能ですから、特に島国である日本は入れないこと、初期に排除することをまず徹底すべきです。
しかし既に完全に侵入して定着しまったものについては(地域間の移動を制限できるかという議論はあると思うが)、外来種にも、侵略的なものとそうでないものもいますし、そもそも在来種が生育できない環境条件を人間が整備してしまっていて、植生がないよりは外来種でも生育したほうが表土の保護や生産性、食物網の維持のために良い場合もあるほか、侵入初期でなければ一度定着したものの駆除はほぼ不可能という問題、さらには教育上駆除をどう考えたら良いのかという問題もあるので(そもそも別の目的で導入したものであったり、大型の動物の駆除とか抵抗ありますよね、僕は植物も抵抗ありますが)、駆除せよというのは簡単ですが、社会問題としてどのように対応したら良いかというのは、一概に言えず難しいところです。そうはいっても最近はマングースなどの特に侵略的な外来種はきちんと時間とコストをかけて、科学的な助言も受けて駆除を行ったうえで、限られた島では根絶を達成できそうです。(正直、動きののろそうで大型のヤギなどはともかく、マングースなんてネズミみたいなものかと思っていたので、根絶できそうと聞いて驚いています。)そうした理想的な、例外もあることから、(駆除できることが分かった以上、駆除したほうがいいが、どこまでコストをかけるのかといった部分も含めて)どう対処すべきかますます判断が難しくなったと言えます。

そういうわけで、事前の侵入候補への対策の準備と、検疫強化と、水際対策が最も外来種施策として重要ではないかと思っています。


(「ただし、・・・」以降のように、結論を強く主張せずに両論併記的に書きがちなので、どっちつかずになってしまうのでやっぱり雑感にすぎないなぁ。)

重要海域、EBSA(生態学的または生物学的に重要な海域)とは

EBSA論文(http://d.hatena.ne.jp/yamakita-lab/20170420/1492581486)がようやく通ったので、EBSAについてそもそも何なのかを少し説明いたします。


 生物多様性条約の10回目の締約国会議(COP10)において2020年までの目標を定めた愛知目標では、陸域の17%、海域の10%の特に重要な地域が効果的に保全されていることというものが、数値を掲げた目標として、広く取りざたされている。
この条文には保護区設定の条件として重要な場所を選定することなどが明示されており、その基礎資料として、重要な海域の特定が欠かせない。

 このような保護区の検討と並行して、直接保護区の検討対象とするものではない科学的な検討として、重要な海域の特定方法が検討された。COP10の1つの前の締約国会議(COP9)や、条約の準備会合(SBSTTA)、G7で主に検討がなされ、その結果は、生態学的または生物学的に重要な海域(EBSA)と呼称され、7つの選定基準が示されている。例えば、固有性や、生物多様性、生産性などである。このうち1つでも高い評価がなされれば基準に合致することになる。
 EBSAは元々、公海上の重要海域選定を目的としたものだったが、生物多様性条約では条約締約国のEEZまでを取り扱うとし、EBSAによるEEZの延伸などの思惑はあるものの、基本的には公海は国連海洋法条約(UNCLOS)のBiodiversity Beyond National Jurisdiction (BBNJ) で扱うこととしている。そのため、COP10以降には、EEEZを中心とした重要海域の特定のために各地域でEBSAワークショップが実施され、研究者によって各国の経済水域を含む形でEBSAが登録されている。

 日本においてもこうした動きと並行して、環境省主導で日本の重要海域をEBSAの基準にさらに典型性という基準を加えて検討された。日本においてはデータが密に利用できるために、専門家による評価や意見に先だってに、得られうる大量のデータに基づきすべての基準を考慮した最適化手法によって、機械的に重要海域抽出を行なうなど、いくつか先進的な取り組みもなされた。その結果の一部は、EBSA東アジア地域ワークショップへの日本側の研究者からのEBSAの提案にも反映された。

 だた、情報の不足や専門家による意見の影響はあり、たとえば九州ーパラオ海嶺は環境省の重要海域では数か所が指定されているだけですが(他は領海外でしたっけ?)、CBDのEBSA 地域WSでは全域が入れられています。


日本近海の状況についてはMPAとともに以下にも短くまとめました。
http://d.hatena.ne.jp/yamakita-lab/20161016/1476872063

EBSAの7つの基準
1.唯一性、又は希少性
2.種の生活史における重要性
3.絶滅危惧種又は減少しつつある種の生育・生息地
4.脆弱性、感受性又は低回復性
5.生物学的生産性
6.生物学的多様性
7.自然性