フォルダ以下のファイルにimagemagicを適用する(ここではflop)

find . -name "*.png" -exec mogrify -flop {} \;
#mogrifyは既存のファイルを上書きするので注意
#バックスラッシュの前にスペースがないと「find: `-exec' に引数がありません」とエラーが出てはまるので注意。


#自作のシェルを適用する場合
find . -name "*.png" -exec ./rename.sh {} \;

rename.sh
#! /bin/bash
file=$1
mv $file `echo $file | sed 's/-FlipX//'`;
#mv $file ${file%'@2x.png'}.png;


#以下と同等
for file in *-FlipX*;
do mv $file `echo $file | sed 's/-FlipX//'`;
done

以下を参照、http://q.hatena.ne.jp/1315092699
http://blog.morizotter.com/2013/02/03/rename-multiple-files-with-bash-command/



image magicの使い方は須崎さんのサイトが参考になります。
http://www.gi.ce.t.kyoto-u.ac.jp/user/susaki/image/magick_process.html



rename 2014 2015 2014-*.txt

http://uxmilk.jp/8366




追記
Rでimage magicのラッパー関数があるようです。
The magick package: Advanced Image-Processing in R
https://cran.r-project.org/web/packages/magick/vignettes/intro.html

元はこれ。
Magick++ STL Support
https://www.imagemagick.org/Magick++/STL.html

レベル補正とかは以下のように実施するがRから通るだろうか?未だ関数になってないのかな?
convert -auto-level ALL -normalize a.jpg b.jpg
http://generalworks.blogspot.jp/2011/10/imagemagick.html


追記2:単純に縮小して上書きする場合。

#!/bin/bash
#単純に縮小して上書き
find . -name "*.jpg" -maxdepth 2 | while read f; do
#mv $f original/#サブフォルダ同じように作成しておかないとダメ
convert -resize 50x -unsharp 2x1.4+0.5+0 -colors 65 -quality 100 -verbose $f $f
done