Jupyter notebookを使う。

ゆる募:Ubuntu1404にWindowsからリモートで入ってDIGITSを使いたいのだが、xrdpただ入れただけだとUnityが起動せず、Unity上でしかDIGITSやJupyterが起動してくれないようなので、UnityもしくはDIGITSを起動させる方法をご存じの方がいましたら教えていただ…

オフィスのインストールに失敗する。

PC

以下のようなメッセージが出てプレインストールのオフィスの認証に失敗する。 カード記載のプロダクトキーが、アカウントに登録されると別のプロダクトキーに変化するためのようです。 「申し訳ございません。Officeのセットアップ中に問題が発生しました。…

アナゴはどこで生まれてどこにかえるのか?

東京湾や瀬戸内海をはじめ各地の名物となっているアナゴ。絶滅が危惧されるウナギと比べて、こちらのほうはあまり注目されていません。うなぎのしらすに混じることもあるようですが、資源管理についても各地域での漁獲量の統計があるくらいであまり進んでい…

すでに侵入した外来種にどう対応すべきかは難しい。

あまり雑感的なものはBlogに書かないほうが良いのかもしれないと思いましたが、土壌中のナガミノヒナゲシの種をひたすら数えたことがあって懐かしいのでちょっと最近話題のナガミノヒナゲシ駆除のPRについて、主に都市部の方向けに書いてみます。 自然保護を…

重要海域、EBSA(生態学的または生物学的に重要な海域)とは

EBSA論文(http://d.hatena.ne.jp/yamakita-lab/20170420/1492581486)がようやく通ったので、EBSAについてそもそも何なのかを少し説明いたします。 生物多様性条約の10回目の締約国会議(COP10)において2020年までの目標を定めた愛知目標では、陸域の17%、…

EBSA基準による東アジア、東南アジアにおける重要海域の特定と保護区や登録海域との比較

須藤さんに解析していただいていたアジアのEBSA論文がようやくPublishになりました。そもそもEBSAとはなにかという方はこちら。 http://d.hatena.ne.jp/yamakita-lab/20170426/1493204369日本近海の状況についてはこちら http://d.hatena.ne.jp/yamakita-lab…

JST研究開発の俯瞰報告書 環境分野(2017年)

JSTから研究開発の俯瞰報告書 環境分野(2017年)/CRDS-FY2016-FR-03 が出ました。*1山北は、219ページからの3.3 生物多様性・生態系区分の3.3.1生物多様性・生態系の把握・予測について情報提供させていただきました。JSTの方や他の専門家に(特に陸や遺伝…

文字列から数値のみを抽出して合計する

R

次年度予算を積算しておりますが、例えば以下のようなテキスト入力用のフォームから数値のみを抽出して合計する関数を検討。 ハードディスク 20千円 研究打合せ旅費(東京−仙台、1回、2泊3日、1人)50千円 研究打合せ旅費(東京−京都、1回、2泊3日、1人)50千…

ArcGISによるフィールド名のエイリアスの抽出

GIS

フィールド名のリストはArc catalog上のプロパティから見られるが、エイリアスとなると少々厄介 以下のようにしてPythonのウインドウに入れれば容易に一覧できる。(3行目のレイヤ名は適宜変更) import arcpy mxd = arcpy.mapping.MapDocument("CURRENT") …

海洋と生物の12月号に景観モザイク性について執筆しました。

「景観ランドスケープ」とは、景観の要素である生態系または生息域が複数入り混じる様を言う。例えば、森林、田畑という異なる生態系が入り混じる複合景観について、伝統知を生かした生物多様性の恵みの持続的な利用の意味合いも込めて「里山景観」と呼ぶ。…

生物多様性版IPCC、生物多様性及び生態系サービスに関する政府間科学-政策プラットフォーム(IPBESイプベス)について

GBIFシンポジウム等でIPBESについて概説してきました。以下に概要を掲載します。 環境省によるIPBESイプベス紹介パンフレットの日本語版 http://www.biodic.go.jp/biodiversity/activity/policy/ipbes/files/ipbes_pamphlet.pdf 白山による解説記事 https://…

Windows10におけるbashの利用

PC

10月からのほぼ毎週講演するというのは無事終わったわけですが、Windows UpdateでメインのPCのバイオスが飛んだり、機器ごとに異なるフォーマットの位置情報を結合したりと四苦八苦しております。論文もなんとかだいぶ前の物を再投稿したりしているものの、…

災害による精神的な影響

災害による精神的な影響のキーポイント(Bonanno et al., 2010): 災害はその影響をうけた少数派の個人へ深刻な精神的な悪影響を与える 災害はかなりの割合が経験する短い期間の苦痛と、それにつづく健康上の機能が相対的に安定した状態の複数のパターンの結果…

日本とその近海の重要海域とMPAの情報

■重要海域 そもそもEBSAとは何かについてはこちらに記事を書きました EBSAとは http://d.hatena.ne.jp/yamakita-lab/20170426/1493204369?_ts=1503445762 環境省ではCBDのEBSAを参考にした基準で 「生物多様性の観点から重要度の高い海域」の抽出を行いまし…

Rのバージョンアップに伴うパッケージのインストール

R

Rをあたらしくインストールした際に、以前のバージョンで使用していたパッケージを一括でインストールしたい。 #一つ前のRバージョンでパッケージがインストールされているフォルダを確認しメモする Sys.getenv("R_LIBS_USER") #最新バージョンのRを起動して…

境界のない形質:機能の多様性をスケール横断的に統合する

Traits Without Borders: Integrating Functional Diversity Across Scales Carlos P. Carmona , Francesco de Bello, Norman W.H. Mason, Jan Lepš 著者は カルロス P カルモナさん、フランチェスコ・デ・ベロさん、ノーマン WH メイソンさん、ヤン レプス…

Photoscanの設定メモ

GIS

みんな大好きSfM。一晩PCを放置して大量の画像を結合したつもりが、数枚だけとか悲しい状況を乗り越えてこうして笑って暮らせるわけです。というわけで、 Aline Photo・・・HighのGenericで、キーポイントを増やしすぎるとノイズ拾いやすくなったりするので…

spplotの凡例を調整したい

R

久々に描画周りを使うとわすれていることが多くて悩ましい。 library(sp) #ポイントデータの場合 data(meuse) coordinates(meuse)=~x+y spplot(meuse, "cadmium", do.log = TRUE, key.space=list(x=0.2,y=0.9,corner=c(0,1)), cuts=c(1, 2, 3, 4, 10, 20),sc…

Mendeleyで新しい引用文献フォーマットの作成

昨年は少しこれまでと違う仕事を2つほどsubmitしたら、なんどもリバイスの上リジェクトされたり、複数のジャーナルにリジェクトされまくりでなかなか苦労しております。論文数がないと契約更新できないのだが、大丈夫だろうか・・・ ちょっと特殊な文献フォ…

ポリラインを延長したい

GIS

ここ2か月久々にGISいじってます。それも単純だがトリッキーな作業が多い。 例えばポリラインを伸ばすだけだが、なかなかいいツールがない。結局短いバッファを作成して以下のツールでバッファのポリゴンのセンターラインのスケルトンをとることに、ここでも…

HDL-XV6.0/2Dを6TBx4にHDD増設&容量増加。

昨年度から映像利用しはじめたら、1航海で数十TBとかなって困っています。 ひとまずNASを6TBx4にしてみました。 下記、簡略化しても良いかもしれませんが、容量UPもできたのでメモ書きを残しておきます。 元のHDDをHDDを取り外して6TBのHDDにクローン クロー…

Q-GISでゼブラな地図の枠を作る方法。

GIS

最近人にGISを教える機会が増えて、Q-GISで四苦八苦しています。 いままでもQでしかできない解析やちょっとした作業には使っていたけれど、ちゃんとレイアウト整えて人に見せる地図を作るところまでは(といってもこれも時間がかかるのでそれほどやっていな…

パッケージoce: 海洋学データの解析Analysis of Oceanographic data

R

https://cran.r-project.org/web/packages/oce/vignettes/oce.htmlあまり日本語の情報がないので、どなたかまとめていただけると助かります。 CTDデータの読み込み library(oce) #デモデータ x <- read.oce(system.file("extdata", "ctd.cnv", package="oce"…

世界の保全課題に関する将来展望 A horizon scan of global conservation issues for 2014

サザーランドさんらによる、世界の保全課題に関する将来展望が発表されました。 このホライゾンスキャンは、毎年TREEに発表されているもので、発表をはじめて5年目になります。2010年のものは、やまうらさんのBlogをご参照ください。http://yamaura.blog.so-…

複数種の漁業における絶滅の脅威と乱獲の予測

要旨: 大規模な個体数の減少を受けるまで商業的漁業による種への脅威はほとんど特定されません。その時には、漁業の閉鎖などの高コストな対応策が必要とされます。我々は、複数種の漁業活動によってもたらされる将来の絶滅の脅威や枯渇を予測するメカニステ…

CASCADE Project and Early Warning Signals Toolbox

R

久々にSOC関連の文献を見ていたら、そこそこ進展があるようです。 というかこのグループの論文のプロダクティビティとIFの高さはすごい、こんなに読み切れない。 一番の進展はCASCADEというプロジェクトが2012年ごろからはじまって2017年までつづくようです…

海岸線データの比較検討

GIS

海岸線もソースがいろいろありますが、まとめるとこんな感じでしょうか? 基準面は標高で0mのようで、低潮線のプロダクトはなさそうです。 DEMや衛星からつくるとかほかにもいろいろネタはありそうですが・・・ 国土数値情報 C23 Pros:突堤などまで入ってい…

Rでよくひっかかる、NAやlogical(0)、そのほかエラーの取り扱い

R

よく困って忘れたりするので、ここに気づいたことをメモしていきたいと思います。関連するR-jpwiki など http://cse.naro.affrc.go.jp/takezawa/r-tips/r/18.html http://r.livedocs.net/vector/nan.html is.na()でNAを操作できないこと、 logical(0)は対応…

MacでNTFSフォーマットのデータを扱う

OS

以前はFAT32でフォーマットされていたWindowsのHDDのNTFSが標準になって久しい。 NTFSだと4G以上扱えること、圧縮や暗号化などにデフォルトで対応している点、WinXPのデフォルトでFATだと32GBまでしかフォーマットできないなどのメリットがある。 ところが、…

Excel2007 2010でDBFファイルを保存する

エクセルで2007以降DBFが読み込みのみしかできなくなったのですが、書き出しできるものを見つけました。 下記のサイト(登録が必要)にあるファイルをダウンロードして、 ユーザーの下のAppData\Roaming\Microsoft\AddInsに置きます。 適当なファイルを開い…